Expanding the use cases of molecular testing for tuberculosis

On estime que 10 millions d’individus ont développé la tuberculose (TB) en 2020, dont environ 4 millions n’ont pas été diagnostiqués. Ceci peut être partiellement dû au maintien de l’utilisation de tests conventionnels et imprécis. Bien que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) ait approuvé plusieurs tests diagnostiques moléculaires pour la TB, leur adoption demeure limitée. Les tests moléculaires peuvent détecter rapidement et de façon fiable la TB pulmonaire chez les adultes, la manifestation la plus répandue de la TB. Toutefois, l’adoption de ces tests doit être améliorée en ce qui a trait à l’élargissement des types de cas pour lesquels ces tests sont employés. Une partie du problème est le manque de données probantes démontrant comment ces tests moléculaires performent lors du diagnostic de conditions autres que la TB pulmonaire chez les adultes, et comment optimiser l’intégration de ces tests avec d’autres maladies infectieuses telles que la COVID-19. Ainsi, l’objectif principal de cette thèse était de comprendre les caractéristiques de performance des tests moléculaires pour la TB lorsqu’utilisés dans divers types de cas et de populations.Le premier article est une revue narrative des tests diagnostiques moléculaires pour la TB publiée en 2020. Le portrait actuel de ces tests est décrit, incluant leurs caractéristiques de performance, ainsi que les technologies émergentes et thèmes clés.Le second article est une revue de littérature systématique d’études rapportant la précision diagnostique de Xpert MTB/RIF (Xpert), un test PCR automatisé pour la TB, pour la détection de TB pédiatrique dans des échantillons de selles. Xpert a été conçu pour des échantillons de crachats, mais les jeunes enfants ne peuvent pas produire spontanément ce type d’échantillon. Toutefois, les enfants avalent des crachats durant leur sommeil, et la bactérie de TB est ainsi détectable dans les selles. Dans une méta-analyse des résultats de 9 études, nous avons trouvé que Xpert-selles avait une sensibilité de 67% et une spécificité de 99% comparativement à un test de référence microbiologique. Xpert-selles a donc une utilité claire comme test d’inclusion (peu de faux positifs).Dans le troisième article, nous nous sommes penchés sur la TB extrapulmonaire (TBEP), pour laquelle il n’existe pas de test de référence. Les tests existants ne sont pas optimisés pour la TBEP et par le fait même pourraient mal performer. Nous avons comparant des estimations de précision de tests basées sur des tests de référence composite avec des estimations par analyse bayésienne de classe latente (ABCL) utilisant un ensemble de données de Delhi, Inde. Nous avons construit un diagramme pour identifier les conditions cibles de chaque test, pour ensuite exécuter une ABCL afin de refléter ce modèle. L’analyse a pris en considération la précision imparfaite du test pour la TBEP et la dépendance conditionnelle pour estimer les performances des tests, alors que les tests de référence composite ignoraient ces détails et étaient difficiles à interpréter.Dans le quatrième article, nous avons examiné l’intégration de tests pour la TB et la COVID-19 avec des collègues de l’Universidad Peruana Cayetano Heredia (Lima, Pérou). Puisque plusieurs pays à revenu faible ou intermédiaire ont maintenant à la fois une charge de morbidité importante de TB et de COVID-19, il est impératif de déterminer comment intégrer et optimiser le diagnostic combiné de ces deux maladies. À l’aide d’une subvention de CRDI/IRSC, notre équipe a évalué l’utilisation combinée de Xpert MTB/RIF Ultra, un test pour la TB, et Xpress SARS-CoV-2, un test pour la COVID-19, qui utilisent la même plateforme diagnostique. Nous avons évalué le rendement diagnostique lors de l’utilisation d’un échantillon de crachat unique pour diagnostiquer à la fois la TB et la COVID-19. Tirer partir des infrastructures existantes pour tester en concomitance la TB et la COVID-19 sera critique pour maintenir les soins en TB