Déterminants génétiques et évolution de la résistance aux antibiotiques chez Mycobacterium tuberculosis au Cambodge, pays à lourde charge de tuberculose

La tuberculose (TB) est une menace de santé publique et fait partie des maladies infectieuses les plus tueuses dans le monde. Le Cambodge se classe au 15ème rang mondial parmi les 30 pays ayant le taux d’incidence le plus élevé de TB. L’émergence croissante de la TB multirésistante (MDR) et ultrarésistantes (XDR) a été observée dans ce pays. Cependant, les mécanismes sous-jacents à ces émergences sont toujours mal connus. Cette thèse vise à comprendre l'émergence, la propagation et l’évolution de la résistance aux antibiotiques chez M. tuberculosis (M.tb) au Cambodge.Deux collections de M.tb, (i) 404 isolats de patients présumés MDR-TB (2012-2017) et (ii) 19 isolats d’ours provenant d’un centre de sauvegarde et un isolat d’un gardien, ont été analysées par diverses techniques : spoligotypage, MIRU VNTR, séquençage des gènes de résistance et des tests de sensibilité aux anti-TB de première (FLD) et de second ligne (SLD). Ce travail décrit, premièrement, la diversité génétique des isolats à l’étude et leur lien avec les résistances aux FLD. Les deux familles prédominantes, Beijing et EAI, représentent près de 90% de l'échantillon. L’analyse a montré une association statistique de la famille Beijing avec la MDR, la quadruple résistance et le groupement en clusters suggérant l’existence de transmissions récentes.Deuxièmement, en se concentrant sur la résistance aux SLD, les données suggèrent que la proportion d'isolats XDR et pré-XDR reste faible mais est en augmentation par rapport aux précédents rapports. La famille Beijing était prédominante parmi ces isolats hautement résistants. Un isolat Beijing, nommé XDR+, était résistant à tous les anti-TB testés. Un cluster comprenant 2 isolats pré-XDR et XDR a été observé, suggérant une transmission potentiellement récente de ces souches.Troisièmement, l’étude des déterminants génétiques et l'évolution de la résistance montrent une diversité de profils allant de la mono-résistance à la XDR, une grande diversité de mutations dans chaque famille et chaque cluster et l’existence de mutations compensatoires chez certains isolats résistants. Ces résultats suggèrent diverses trajectoires évolutives vers la résistance aux FLD et SLD. La famille Beijing est également associée à la MDR et XDR et à des mutations avec un faible coût biologique dans les gènes de résistance. Nos données suggèrent un effet cumulatif des mutations, un rôle de l'épistasie dans l’acquisition de la MDR et XDR et la propagation d'isolats hautement résistants et transmissibles dans la population.Enfin, concernant la population de M.tb d’ours et l’isolat du gardien, mes travaux montrent une transmission entre l’homme et l’animal de M.tb sensibles et résistants avec la présence de deux clusters ; un cluster EAI et un cluster Beijing résistant à la streptomycine et l’isoniazide intégrant le cas humain. Les dates d’isolation et d'exposition suggèrent une transmission probable d'ours à l’homme, puis de l’homme à l’ours.En conclusion, ce travail apporte des connaissances sur la diversité, la structure des populations de M.tb et la résistance aux FLD et SLD dans notre échantillon. Ces données prédisent une évolution de la résistance vers une situation plus problématique dans le futur. La famille Beijing est associée à la MDR et à la XDR ainsi qu’à des mutations associées à de faibles coûts biologiques, générant des niveaux de résistance élevés et une transmission dans la population humaine. Deuxièmement, la proportion d'isolats XDR et pré-XDR, bien que faible est en augmentation. Cela démontre la nécessité d'interventions rapides en termes de diagnostic et de traitement pour éviter la propagation des isolats Beijing pré-XDR et XDR dans la population et l'émergence de souches de plus en plus résistantes. Ce travail illustre également que la sensibilité d’une espèce d’ours en danger d’extinction, Helarctos malayanus, à la TB humaine pose des problèmes en termes de conservation de l’espèce mais également de santé publique.